施工过程中的质量问题可分为：工程质量不合格与工程质量不合约定，二者的处理方式存在一定区别。
1、工程质量不合格。质量不合格是指工程质量不符合国家强制性质量标准。工程质量不合格意味着建筑工程毫无利用价值，严重未必发包人缔结合同之目的，发包人可以根据《合同法》94条和《解释》第8条请求解除合同，同时根据《解释》第3条、第10条不予支付工程款。当然，确定工程质量不合格应当经过一定程序：首先发包人对存在质量问题的工程发出整改通知，一般工程均可修复合格；经过数次修复，双方对工程质量仍然存在争议的，可以提请工程质量检测机构鉴定，以鉴定结论为准。质量鉴定需要消耗一定时间，导致工期拖延，《解释》第15将工期与质量状况挂钩：“建设工程竣工前，当事人对工程质量发生争议，工程质量经鉴定合格的，鉴定期间为顺延工期期间。”
2、工程质量不合约定。在强制性质量标准基础之上，当事人可以约定特殊质量标准，不合该质量标准即为不合约定。《合同法》第281条规定：“因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任”。与不合格质量问题相比，工程款应当支付，但施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。实践之中、施工人接到修复通知后未必能在合理期限内修复或者返工、改建，《解释》11条规定：“因承包人的过错造成建设工程质量不符合约定，承包人拒绝修理、返工或者改建，发包人请求减少支付工程价款的，应予支持”，故承包人拒绝或者拖延修复时，发包人可以自行修复或者委托他人代为修复并可以请求减少支付工程价款，减少的工程价款为实际支出的修复费用和承包人不及时修复发包人造成的损失，修复费用包括对原不合格工程拆除费用和修复所需的建筑材料、机械设备、人工工资等费用。承包人承担修复义务后，如果造成逾期交工的，还应当承担逾期交工的违约责任。
另外，根据《解释》第12条“发包人具有下列情形之一，造成建设工程质量缺陷，应当承担过错责任：（一）提供的设计有缺陷；（二）提供或者指定购买的建筑材料、建筑构配件、设备不符合强制性标准；（三）直接指定分包人分包专业工程”，发包人原因造成工程质量缺陷的，亦应当承担过错责任。